Повод к оккупации. Воспользовавшись двусмысленностью пункта 6 «договора» от 11 июня (и пункта 4 «договора» от 8 июня), в Абхазии буквально через неделю высадились войска генерала Мазниева (Мазниашвили). Вопреки «договорённости» они не находились в распоряжении АНС и во второй половине июня 1918 года оккупировали Абхазию. Некоторые независимые депутаты, находившиеся в оппозиции к В. Шервашидзе, А. Эмухвари и другим деятелям прогрузинской ориентации, предвидели, что под предлогом борьбы с большевиками и «защиты» Абхазии от Турции Грузия может воспользоваться заключённым «договором» и прибрать её к рукам. Так, один из основателей и первый председатель АНС С. П. Басария отказался на известном совещании Совета 10 июня 1918 г. подписать поручение абхазской делегации в Тифлисе о заключении «договора» 11 июня и письменно изложил тогда своё особое мнение. «Ввиду того, – заявил Симон Басария, – что проект договора, предлагаемый Грузинской республикой, носит характер ультимативный, лишающий возможности обдуманного, свободного обсуждения; ввиду того, что важный акт, как предлагаемый договор Абхазии с Грузией, делается наспех при ограниченном количестве Абхазского Народного Совета и без ведома населения Абхазии, которое мыслит свою политическую свободу без всякой опеки с чьей бы стороны ни было, я предлагаю Абхазскому Народному Совету на ультиматум Грузии ответить просьбой дать возможность населению устроить Абхазский Национальный съезд, правомочный окончательно определить политическое устройство Абхазии, заверив Грузинскую республику, что Абхазия, как самостоятельный национальный организм, обязательно вступит в добрососедские договорные союзы и соглашения с Грузией».
Мазниев был назначен генерал-губернатором Абхазии 18 июня 1918 г. приказом военного министра Грузии, т.е. стал фактически управлять Абхазией ещё до своего появления в Сухуме, куда прибыл 19 июня. Через четыре дня Мазниев без всякого согласования с АНС уже своим приказом № 1 от 23 июня объявил Абхазию генерал-губернаторством, а себя губернатором, присвоив не только военные, но и политические функции.
Генерал Мазниев и АНС. Откровенно бесцеремонные действия правительства Грузии вызвали взрыв негодования в Абхазии. На сей раз вынужден был возмутиться и председатель АНС меньшевик В. Шервашидзе, который открыто лишался даже формальной власти руководителя края. Поэтому он 4 июля 1918 года направил Правительству Грузии и председателю Национального Совета Грузии протест от имени АНС. Варлам Шервашидзе, в частности, отмечал: «В полном сознании своей ответственности Абхазский Народный Совет вступил в переговоры с правительством Грузинской Демократической Республики с целью установить взаимное понимание и дружескую связь. Правительство Грузии, также сознавая всю ответственность момента, подписало с Абхазским Народным Советом договор 11-го июня сего года; и во исполнение пункта 6-го договора 11 июня правительство Грузии послало в Абхазию войсковые части в помощь Абхазскому Народному Совету и в его распоряжение под командой генерала Мазниева.
По прибытии в Сухум генерал Мазниев опубликовал приказ по Сухумскому генерал-губернаторству от 23 сего июня №1, коим Абхазия, согласно телеграмме военного министра, была объявлена Сухумским генерал-губернаторством, а генерал Мазниев – генерал-губернатором… Причём довожу до Вашего сведения, что Абхазским Народным Советом были даны генералу Мазниеву широкие полномочия вплоть до права введения осадного положения, но исключительно при ведении военных операций.
Прошу указать генералу, что источником власти и чрезвычайных полномочий на территории Абхазии является только Абхазский Народный Совет… Указанные выше действия генерал-губернатора в Абхазии по существу создают в массах населения Абхазии недоверие по отношению Правительства Грузинской Республики».
Поэтому в выступлении Кецба на заседании АНС от 27 июля 1918 г. отмечалось: «Народ думал, что грузины пришли оккупировать Абхазию…». А православный священник Г. Туманов передал АНС требование от имени схода гудаутских и гагрских абхазов, чтобы «Абхазия была самостоятельна, а не была бы провинцией, и если это невозможно, то они готовы приступить к японскому способу харакири, чтобы только умереть свободными на своей земле».
Протесты горского правительства. Абхазия оказалась в крайне тяжёлом положении. Однако, несмотря на сложности, правительство «Горской республики» осудило вторжение грузинских войск в Абхазию. Так, в июне 1918 г. МИД Республики горцев Кавказа (министр Гайдар Баммат) заявил протест правительству Грузии и главе дипломатической миссии правительства Германии на Кавказе Шуленбургу по поводу вступления немецких войск в Сухум и нахождения грузинских отрядов в Абхазии.
Спустя несколько месяцев, в августе 1918 г., председатель горского правительства Т. Чермоев вновь заявил протест германскому правительству в связи с оккупацией Абхазии грузинскими войсками при поддержке регулярных частей немецкой армии. «Я от имени моего Правительства, – писал Т. Чермоев, – самым категорическим образом протестую против образа действий Грузии в Абхазии, составной части Федеративной Республики Союза горцев Кавказа и во избежание тяжелых осложнений, могущих проистечь от указанной политики Грузинского Правительства, моё Правительство полагает необходимым немедленно вывести из Абхазии грузинские войска, чиновников и эмиссаров».
Трагедия оккупации. Карательные мероприятия генерала Мазниева и полковника Тухарели летом и осенью 1918 года «сравнивали по своей жестокости и бесчеловечности» с действиями царского генерала Алиханова-Аварского в Грузии в 1906 году. Об этом говорится в заявлении Грузинскому правительству от 29 сентября 1919 г., которое от имени 14 депутатов Совета подписали М. Тарнава, Д. Алания, М. Цагурия, И. Маргания. «По какой-то злой иронии, – писали абхазские депутаты в Тифлис, – Великая Русская Революция, давшая свободу и независимость почти всем народам Кавказа, обошла маленькую Абхазию, и в нашей стране великие принципы революции совершенно заслонились произволом и насилием властей, и народы Абхазии пока что не видели ничего, кроме карательных экспедиций, поджогов… И так как все эти насилия производились именем Грузинского Правительства, то в Абхазской массе сложилось представление о грузинах, как… о поработителях». Далее о действиях Мазниева говорится: «С этого момента начинается трагедия Абхазии. Генерал Мазниев и начальник его Штаба полковник Тухарели, как старые царские офицеры, не смогли усвоить демократический дух республиканского строя…».